Wenn alle Ausgabeschritte durchlaufen sind, ist die Verarbeitung auf Ebene der Dokumente beendet. In dem letzten Arbeitsschritt "Backup" (Nachverarbeitung) führt der Backup-Worker die finalen Aufräumarbeiten durch. Von diesem Worker-Typ wird programmintern jeweils eine Instanz pro Mandant erzeugt, die für alle Szenarien zuständig ist, die dem Mandanten zugeordnet sind. Der Backup-Worker greift auf die gleichen Schnittstellen der Eingabesysteme zu wie der Input-Worker, da in diesen Systemen die Eingabedaten gelöscht oder der Verarbeitungsstatus aktualisieren werden muss.

Der Backup-Worker arbeitet analog zum korrespondierenden Input-Worker auf Ebene der Stapel. Aus diesem Grund kann der Backup-Worker die Arbeiten für einen Stapel erst beginnen, wenn alle Dokumente dieses Stapels vollständig und erfolgreich verarbeitet sind oder gewollt abgebrochen wurden. Im Fehlerfall verbleiben die Stapel mit einem Fehlerstatus im System. In der Regel ist dann ein administrativer Eingriff zur Fehlerbehebung sowie ein erneuter Verarbeitungsversuch notwendig.

Alle nachfolgend beschriebenen Tätigkeiten des Backup-Workers können optional aktiviert oder deaktiviert werden. Im Normalfall besteht die Hauptaufgabe des Backup-Workers in der Durchführung der eigentlichen Sicherung der Eingabedaten in einen Dateisystemordner oder in eine Ordnerstruktur. Wenn die ursprüngliche Eingabe der Daten bereits über das Dateisystem erfolgt ist, werden diese Originaldaten für das Backup genutzt. Anderenfalls, z. B. bei einer Mail- oder Webservice-Eingabeschnittstelle, dienen die im temporären Storage angelegten Kopien der Dateianlagen als Quelle für die Sicherung.

Nach erfolgreicher Sicherung können die Eingabedaten gelöscht werden, sofern das Eingabesystem diese Funktion unterstützt. Die Daten können aus dem temporären Storage entfernt werden. Eine sofortige Löschung der betreffenden Sätze aus der Verwaltungsdatenbank wird an dieser Stelle grundsätzlich nicht durchgeführt, da die Sätze zum Zwecke der Information über die erfolgreiche Verarbeitung noch in der Datenbank verbleiben. Ebenso wie alte Backup-Ordner können die Sätze stattdessen durch separat konfigurierbare Scheduler-Jobs nach Erreichen eines definierbaren Alters gelöscht werden.

Der Backup-Worker übernimmt im Fehlerfall außerdem das Setzen des Fehlerstatus in den Eingabedaten, auch wenn in diesem Kontext die eigentliche Datensicherung noch nicht stattfinden soll.